Este bug foi corrigido em 7.3.1182 . Vim 7.4 é o primeiro lançamento no vim.org para incluir este patch (lançado em 2013-08-10).
Para suportar versões mais antigas do vim, você pode usar algo assim em seu vimrc:
" Writing files on Windows doesn't preserve file attributes seen via cygwin
" (presumably because the created backup copy didn't inherit them correctly).
if has('win32') && v:version < 704
set backupcopy=yes
endif