Você pode reinventar a roda e criar seu próprio wrapper para iniciar seu programa, usando algo como AutoIt ou sua linguagem de programação favorita.
Ou você pode usar o programa ConsoleNoClose de Uwe Sieber para fazer exatamente isso: desabilite o Close (X) botão em uma janela de prompt de comando. Quando você inicia o programa, ele permanece residente e desativa o botão em qualquer prompt de comando aberto, pois ele recebe o foco.
Testado no Windows 7 Professional de 32 bits.
Espero que ajude!