Na documentação do FFmpeg:
ffmpeg -i in%04d.jpg -i in.mp3 -shortest out.mov
A opção -shortest
termina a codificação quando o fluxo de entrada mais curto termina.
Quando você está mesclando arquivos de vídeo e áudio, também é possível copiar os fluxos de bits para evitar a codificação:
ffmpeg -i video.mp4 -i audio.m4a -c copy -map 0:v -map 1:a output.mp4