Alguns programas funcionarão bem. Eles não terão dependências significativas nem verão que os componentes precisam ser registrados ou as configurações padrão estão ausentes e cuidam disso sozinhas.
Outros programas falharão e precisarão de reinstalação.
Outros programas podem parecer funcionar corretamente, mas possuem bugs sutis ou funcionalidades ausentes / quebradas que você não notará até que você tropeça nele.
Não há resposta universal.