Tem sido minha experiência variar dependendo do aplicativo. Alguns estão fazendo chamadas do sistema para que as caixas de diálogo apareçam sempre no monitor "principal" ou "principal". Outros vão abrir de onde eles foram dispensados pela última vez. Ainda outros irão seguir o aplicativo e abrir em seu monitor. A inconsistência é além de frustrante e tendo usado sistemas XP multi-monitor durante a maior parte de uma década, posso dizer que não encontrei uma maneira de unificá-los. Inconsistências como essa foram uma das muitas razões pelas quais mudei para o Mac.