Eu acho que o FFmpeg não pode fazer isso - arquivos M4A armazenam metadados de uma forma estranha em comparação com FLAC, MP3 ou OGG. Você pode, no entanto, usar AtomicParsley como detalhado em esta resposta para uma pergunta muito semelhante. Em resumo:
ffmpeg -i input.flac -vn -c:a alac output.m4a cover.jpg
AtomicParsley output.m4a --artwork cover.jpg --overWrite