A Versão de Teste do Sony Vegas Movie Studio ou Sony Vegas Pro provavelmente seria a saída mais fácil. Basta ir na linha do tempo e pressione S para fatiar o vídeo. Alternativamente, você poderia usar o Adobe Premiere (CS5 é supostamente muito bom agora) ou qualquer outro NLE decente. Certifique-se de que a resolução do seu projeto e a taxa de quadros correspondam ao seu clipe .MOV.
Você também pode usar o Avisynth, que é uma ferramenta fantástica, mas não exatamente amigável ao usuário.
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O Expression Encoder 3 da Microsoft também é uma ferramenta gratuita e bastante elegante de codificação / recorte VC-1 (use Mark in / Mark Out na linha do tempo). Leva .mov como entrada sem nenhum problema.
Todos os itens acima envolvem a reencodificação de suas imagens.