Na minha experiência, isso realmente depende da construção e configuração do servidor Linux.
Eu vi implementações / compilações do Samba que têm um desempenho horrível e outras compilações onde parece ser mais rápido que o Windows para o Windows.
O FTP é provavelmente a solução mais simples para configurar, no entanto, o Samba é muito mais rico em recursos.
Por exemplo, com o Samba, você pode mapear a unidade, transmitir vídeo e muito mais - ela funciona como um compartilhamento padrão do Windows, e como sem um complemento de terceiros, o FTP é muito bom para armazenar e recuperar arquivos, mas é sobre isso.
Quanto aos outros pontos, o roteador é irrelevante, não tenho certeza se tem alguma coisa a ver com essa configuração e não há necessidade de subdomínios diferentes, pois você sempre pode usar IP ou outras configurações de segurança.
Isso foi um pouco complicado, se eu perdi alguma coisa ou você quer que eu esclareça algum ponto, por favor diga!