Tente excluir global_keybindings/%gconf.xml
deste arquivo (Você também pode editar este arquivo), para usuário que não está trabalhando. O arquivo contém ligações de teclas para essa sessão do gnome.
O mesmo problema funcionou para mim depois de excluir o arquivo e redefinir o Alt + F2 para o prompt de comando Executar nas configurações do sistema.
global_keybindings estaria presente em ~/.gconf/apps/metacity/global_keybinding/%gconf.xml
Etapas para redefinir o Alt + F2
Abra as configurações do sistema = > janela de configurações do teclado, navegue até as guias Atalho e defina a opção Sistema > Mostrar a chave do prompt de comando run com Alt + F2. Para definir a chave, simplesmente clique duas vezes na lista ou para novas combinações de teclas, clique com o botão direito do mouse na tecla de prompt de comando Mostrar a execução e pressione as novas teclas do teclado.
Vá para Configurações do sistema e clique no ícone "Teclado".
Cliquenaguia"Atalhos". No painel esquerdo, selecione "Sistema". À direita, selecione a primeira entrada “Mostrar o prompt de comando run” e clique em “Disabled” para ativá-lo. Agora você deve ver "Novo atalho ..."