Isso obviamente seria insatisfatório, mas você já tentou copiar os arquivos .SQL para arquivos .TXT?
Eu não quero simplesmente renomear, já que você está presumivelmente usando os arquivos SQL como arquivos SQL em algum lugar. Mas se você tiver espaço, faça cópias e renomeie aquelas para .SQL.TXT ou mais. Se seus arquivos SQL forem alterados com freqüência, agende uma tarefa para recriar as cópias.
Isso vale a pena como uma experiência - se o Windows Desktop Search puder indexar com êxito um arquivo .SQL.TXT, há algo sobre a extensão .SQL que está falhando. Se não puder, algo sobre o formato do arquivo é confuso.