Eu definitivamente me deparei com esses problemas ao testar com diferentes ambientes de área de trabalho e posso entender sua preocupação. Uma coisa a ter em mente é que o KDE gosta de se preocupar com os seus próprios negócios, por isso, quando você instala o KDE sem recomendar ou sugere que o seu ambiente do KDE esteja ativado por completo.
Você também precisa ter cuidado com os gerentes de exibição. Unity, LXDE e XFCE usam o LDM. O KDE usa o KDM e o Gnome usa o GDM. Normalmente, se você mantiver sugere e recomenda desligar você estará bem. Outra boa maneira de ver as dependências
apt-cache depends [package-name]
Se você quiser apenas ver as dependências principais
apt-cache depends [package name] | grep Depends
Para chegar à sua pergunta, os arquivos de configuração são complicados. A unidade tem tentado sair das dependências do Gnome por um tempo e, na maior parte, tem. Tanto o Unity quanto o Gnome dependem de bibliotecas similares como: Cairo, ATK, GTK, Glib, Compiz e provavelmente outras que não consegui encontrar.
Sua melhor aposta é experimentar em um ambiente mais seguro. Você pode baixar um ISO do Ubuntu e fazer alguns testes no VirtualBox. Ou você pode fazer backup de tudo em um disco rígido externo e testar diretamente em sua máquina, e se algo acontecer, você terá um backup.
Sinto muito por não poder lhe dar uma resposta mais direta, mas tenho certeza de que uma resposta mais direta seria útil para muitas pessoas que também desejam testar e experimentar diferentes ambientes de desktops.