Em uma instalação normal no disco rígido da maioria de qualquer sistema operacional baseado em EFI, você terá, no mínimo, uma partição de sistema FAT EFI (ESP) e uma partição para o próprio sistema operacional. O ESP possui um gerenciador de partida para o sistema operacional, possivelmente junto com arquivos para suportar o carregador de boot (fontes, arquivos de configuração, drivers, etc.) e possivelmente até mesmo o kernel do sistema operacional. A partição do sistema operacional contém mais ou menos os mesmos arquivos do sistema operacional que você encontraria em uma instalação baseada em BIOS do mesmo sistema operacional. Dependendo do sistema operacional, você também pode ter partições adicionais - partições de dados, uma partição swap, etc.
Pode haver exceções a essa regra, principalmente para mídias de instalação ou discos de emergência. Por exemplo, você poderia colocar todo o sistema operacional no ESP. Além disso, a maioria das EFIs tem o prazer de inicializar a partir de partições que não são ESPs, então você pode ter apenas uma grande partição FAT não-ESP, como você tem. Isso pode funcionar bem para um disco de emergência, mas eu não recomendaria a configuração de uma instalação normal do sistema operacional dessa maneira; Eu usaria uma partição ESP e OS separada.
Observe que uma EFI padrão pode ler FAT, mas não pode ler NTFS, ext2 / 3 / 4fs, HFS + ou qualquer outro sistema de arquivos. (EFI da Apple pode ler HFS +, e assim pode ler o seu carregador de inicialização a partir de uma partição raiz do Mac OS X, mas a EFI da Apple é a exceção e não a regra. Alguns EFIs também possuem drivers de sistema de arquivos ISO-9660 mas, novamente, são exceções à regra.) Como o FAT é o único sistema de arquivos que pode ser lido pela EFI, uma tentativa de criar um disco de inicialização que não inclua uma partição FAT está fadada a falha, exceto, claro, quando usado em EFIs incomuns que suportam sistemas de arquivos adicionais.
Não posso fornecer um procedimento para configurar um disco de emergência do Windows para usar partições EFI e Windows separadas, já que sou mais uma pessoa do Linux do que uma pessoa do Windows. A menos que você tenha um problema específico com sua abordagem, eu ficaria com isso; pelo menos você sabe que funciona.