Não consigo pensar em uma situação em que o CNAME seja menos seguro.
Pode-se argumentar que, como o alias se estende por uma zona ( client.com - > company.com ), não é seguro, pois o endpoint não está no controle administrativo de client.com . No entanto, o cliente supostamente confia em você o suficiente para usar seu aplicativo, então por que não confiar que você não estraga o registro app.company.com .
De um ponto de vista sysadmin eu prefiro ter um CNAME como você sugeriu, mas você pode apenas sugá-lo e manter seu cliente feliz:).