O NTFS tem muito mais vantagens sobre o exFAT (que por sua vez é a versão otimizada para flash drives). O exFAT basicamente é o mesmo que o FAT32, mas não tem limitação do FAT32 em tamanho máximo de arquivo de 4 Gb e tamanho da partição. Os NTFS permitem que você use permissões de arquivos que se aplicam apenas ao sistema operacional em execução, bem como a utilização de ADS (fluxos de dados alternativos - que permitem ocultar arquivos "invisíveis" extras por trás do arquivo regular). Muitos outros sistemas operacionais, como linux, BSD e Mac OS, também podem usar o NTFS (alguns deles permitem apenas o modo somente leitura, mas ntfs-3g permitirá operações de leitura / gravação, mas deve ser usado com cuidado por causa das permissões). Se você vai usar o VeraCrypt principalmente com windows, então o NTFS pode ser preferível