Sim, é possível, e há muitas maneiras de fazer isso.
A maneira mais fácil, que não é exatamente o que você quer, é usar um gerenciador da área de transferência para vincular o clique do meio à colagem. Glippy, que eu uso, me permite fazer isso. Tem uma configuração que faz com que qualquer coisa que você destacar seja copiada automaticamente para a área de transferência e o que estiver na área de transferência colada pelo clique do meio. Eu não usaria isso porque é incrivelmente chato, mas a opção está lá. Glippy: link
Para fazer exatamente o que você quer, você pode usar o xte. Xte faz parte do pacote "xautomation":
sudo apt-get install xautomation
Supondo que você esteja usando o Compiz, abra o Compiz Config Manager. Vá para a seção "Comandos" e insira algo assim como um comando:
xte 'keydown Control_L' 'key c' 'keyup Control_L'
Vá para a guia "Ligações de botões" e mapeie o comando para Ctrl + Button3.
Agora, segurando Ctr e pressionando o botão direito do mouse, agirá pressionando Ctrl + C.
Para também obter esse comportamento em um terminal, o comando seria:
xte 'keydown Control_L' 'keydown Shift_L' 'key c' 'keyup Control_L' 'keyup Shirt_L'
Para saber mais sobre como emular pressionamentos de teclas com o tipo xte
man xte
Em um terminal depois de instalar o xautomation.