Você não pode fazer isso normalmente. Talvez com algum software ...
Abaixo, você pode ver um caminho - não o melhor, mas fazer manualmente para o seu caso em particular. Para ambos os casos, você deve ocultar arquivos com atributo oculto no Windows Explorer > Ferramentas > Modo de visualização:
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Comando dos (você pode criar um lote substituindo cada caractere% abaixo por %%, e usá-lo para inicializar toda vez que o Windows for iniciado, ou quando você quiser; use "attrib + h + s" se você quiser mostrar oculto arquivos, mas esconder arquivos do sistema; se você quiser aplicá-lo para arquivos, remova / parâmetro de anúncio do dir):
for /f "delims=" %i in ('dir /s /b /ad ".*"') do attrib +h "%i"
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Windows Search (para o Windows 7, você deve habilitar a pesquisa clássica): procure pela string ". *", então clique com o botão direito do mouse nos diretórios e marque "oculto" (dessa forma, não é possível adicionar o sistema atributo)