Eu tive um problema semelhante (não idêntico) ao seu e consegui encontrar uma solução. Talvez seja útil para alguém de qualquer maneira.
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Suponho que você tenha os dois monitores funcionando e que a única área de trabalho seja estendida em ambos (isto é, que você possa arrastar aplicativos para o segundo monitor).
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Clicar com o botão direito do mouse no painel do GNOME na parte superior ou inferior da tela dá a opção de "Novo painel". Clique aqui e arraste o novo painel para o segundo monitor.
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Agora clique com o botão direito do mouse no novo painel e selecione "Adicionar ao painel". Role para baixo até a parte inferior da lista resultante e selecione "Lista de Janelas".
Agora você tem uma lista de janelas no seu segundo monitor. A nova lista de janelas mostrará apenas as janelas que estão na parte estendida da área de trabalho, enquanto a lista de janelas no monitor principal exibirá da mesma forma apenas as janelas que residem nela.
Todas essas janelas estão em execução no mesmo espaço de trabalho, mas essa técnica 'aproxima' o espaço de trabalho único por monitor que você solicitou originalmente. Com essa configuração, você pode facilmente arrastar as janelas de um monitor para o outro e, naturalmente, copiar / colar também funciona corretamente.