Não. O 'carregamento' não é uma característica do USB, é apenas o dispositivo que usa a voltagem fornecida pela porta USB, que as portas estão sempre fornecendo (às vezes até mesmo quando o computador está "desligado").
A menos que o BIOS da placa-mãe do seu sistema permita que você faça ajustes como esses nas portas (que eu nunca vi pessoalmente), acho que você está sem sorte.
Além disso, dependendo do telefone, pode haver uma maneira de desativá-lo, mas isso depende do telefone. Existe um utilitário escrito para (alguns) dispositivos Android que supostamente desativaram o carregamento no telefone chamado USBChargeCommander , nunca usei, mas pode valer a pena dar uma olhada:
WHAT THE HECK IS THIS?
USB Charge Commander is an application designed for the ZTE Blade/Orange's San Francisco handset.
WHAT DOES IT DO?
It takes care of disabling the charging of the battery, and re-enabling it.
WHY?
Handy if you just want to plug in the handset and copy a file instead of messing up the battery by plugging it in and to unplug it a minute later.
HOW?
There's a simple property set up in the init.rc, that watches for the boolean flag and sets it according.