Eu não sei sobre BOOTSTAT.DAT mas BCD é uma seção de registro, mesmo formato que todos os outros. Os arquivos BCD.LOG* são os diários de transação para a seção, para fins de recuperação.
Se você tem uma máquina Windows, pode montar a seção do regedit: clique em HKEY_LOCAL_MACHINE , vá para Arquivo-> Carregar seção e navegue até o arquivo BCD. O BCD que foi usado para inicializar o Windows normalmente já está montado como BCD00000000 . Há alguma documentação lá fora no formato de arquivos de seção de registro do Windows NT.
Para o seu projeto de inicialização dupla, os perfis de hardware podem ajudar com as diferentes configurações para o hardware nativo e virtual - tente usar um perfil para cada.