Motivos de compatibilidade retroativa. Um monte de aplicativos assumem coisas que eles não devem assumir e codificar caminhos. E sim, isso inclui aplicativos de 64 bits. Portanto, no Windows de 64 bits, o sistema de pastas 32 contém as versões de 64 bits das DLLs. Para as DLLs de 32 bits, há a pasta SysWoW64, que é o que os aplicativos de 32 bits veem como system32.