Use
ffmpeg \
-i in1.mp4 -i in2.mp4 \
-filter_complex " \
[0:v]setpts=PTS-STARTPTS, scale=480x360[top]; \
[1:v]setpts=PTS-STARTPTS, scale=480x360, \
format=yuva420p,colorchannelmixer=aa=0.5[bottom]; \
[top][bottom]overlay=shortest=1" \
-acodec libvo_aacenc -vcodec libx264 out.mp4
Defina aa
como o valor de opacidade necessário.