Eu consegui fazer o Windows inicializar. Basicamente, o que acontece é que todos os drivers de disco (exceto o que você realmente precisa) são desativados ao inicializar, então quando você obtém o Windows em uma VM, ele não consegue ler seu próprio disco. Para corrigir isso, basta seguir os conselhos neste artigo da base de conhecimento:
Altere duas entradas de registro e ele será inicializado bem.