Não limpa o backup, mas algo. Vá para:
%LocalAppData%\Google\Chrome\User Data\Default\Local Extension Settings\dhdgffkkebhmkfjojejmpbldmpobfkfo\
E localize o arquivo 000003.log
ou similar. Este arquivo armazena todo o histórico de alterações de todos os userscripts. Basta pesquisar o nome do site, que usa seu script.