Você pode fazer isso com KeyRemap4MacBook :
Oremapeamentoédefinidonocontrole
<item>
<name>Disable Control_L</name>
<identifier>remap.drop_controlL</identifier>
<autogen>--KeyToKey-- KeyCode::CONTROL_L, KeyCode::VK_NONE</autogen>
</item>
Desativa também o caps lock se você o tiver designado para controlar no painel de preferências do teclado. Você pode alterá-lo para o controle certo com PCKeyboardHack .