Para atualizar do Windows Server 2012 para o Windows Server 2012 R2, você pode usar a mídia de instalação do Windows Server 2012 R2. Durante o processo de instalação, você será solicitado a escolher se deseja executar uma instalação limpa ou uma atualização.
Se você tiver uma licença válida, mas não tiver mídia de instalação, poderá fazer o download por meio do site oficial. Opte por experimentar o produto, você será redirecionado para a página de download.
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Aqui está uma postagem adicional que lhe interessa. Ele contém um link para o artigo do TechNet sobre o caminho de atualização.
Licença da Microsoft Windows 2012 R2
Espero que isso ajude.