Não sei ao certo como fazer isso na linha de comando, mas escrevi isso para fazer uma filtragem dos processos relacionados ao sistema operacional do PowerShell. Talvez te dê uma ideia. Ele ignora itens de serviço, sistema e nulo.
gwmi win32_process |select ProcessID,ParentProcessID,Name, @{l="Username";e={$_.getowner().user}}|where {$_.Username -ne "SYSTEM"} | where {$_.Username -ne "LOCAL SERVICE"} | where {$_.Username -ne "NETWORK SERVICE"} | where {$_.Username -ne $null} |Sort-Object ProcessID | ft -AutoSize
#
Saída
ProcessID ParentProcessID Name Username
--------- --------------- ---- --------
2136 3460 notepad.exe KNUCKLE-DRAGGER
2504 3460 firefox.exe KNUCKLE-DRAGGER
2792 700 dllhost.exe KNUCKLE-DRAGGER
2816 4232 conhost.exe KNUCKLE-DRAGGER
2916 3460 powershell.exe KNUCKLE-DRAGGER
3128 3460 notepad.exe KNUCKLE-DRAGGER
3180 576 taskhost.exe KNUCKLE-DRAGGER
3196 4308 vmware-tray.exe KNUCKLE-DRAGGER
3460 4392 explorer.exe KNUCKLE-DRAGGER
3644 4636 vmware-vmx.exe KNUCKLE-DRAGGER
3696 3460 mplayerc.exe KNUCKLE-DRAGGER
4636 3196 vmware.exe KNUCKLE-DRAGGER
4828 3460 notepad.exe KNUCKLE-DRAGGER