Depois de substituir a área de trabalho por uma instância do navegador, você não poderá executar aplicativos adicionais - pelo menos não da maneira como você supostamente gosta deles. Nesse caso, você deve deixar sua Xsession como estava configurada.
Deixe-me sugerir que você adicione o seguinte comando ao seu autostart aplicações :
xdg-open <url>
Isso abrirá o URL fornecido no seu navegador padrão. É claro que você terá que configurar este navegador para sempre iniciar em tela cheia, se necessário.
Caso você execute o Firefox, também poderá criar um perfil específico para seu usuário e executar com o seguinte comando em aplicativos de inicialização automática:
firefox -profile "<profile_path>"