Estou brincando com a opção "Opacidade, brilho e saturação" em Acessibilidade no ccsm e consegui definir todas as janelas para uma saturação de 0, mas o Dock e o Dash não parecem ser afetados por o troco. Uma solução alternativa pode ser alterar o Icon definido para uma das versões de alto contraste existentes no sistema ou encontrar um de seus gostos na Internet.
Veja como. CCSM- > Acessibilidade- > (Ativar) Opacidade, brilho e saturação. Isso fará com que o Compiz se ajuste um pouco, dê tempo e ele se conserte.
Nas configurações do OBaS, vá para a guia de saturação. Em "Configurações específicas da janela", clique em Novo, na próxima caixa de diálogo, digite "type = any" sem aspas e defina os valores da janela como 0. Clique em Fechar e os resultados devem ser instantâneos.