Você pode colocar rótulos em um deslocamento especificado dos pontos usando o seguinte comando do gnuplot:
echo "plot 'file.dat' using 2:3 pt 2 notitle, '' using 2:3:1 with labels offset 0.5,0.5 notitle;" | gnuplot -persist
Nota: funciona somente se o gnuplot tiver sido compilado com --enable-datastrings (graças a DaveParillo para o esclarecimento)