O mogrify
do ImageMagick não é a melhor ferramenta aqui, e o convert
é muito mais adequado para o trabalho. Isso pode ser feito especificando o formato de saída com o nome do arquivo.
convert a.jpg png:a.jpg
Exemplo:
$ file a.jpg
a.jpg: JPEG image data, JFIF standard 1.01
$ convert a.jpg png:a.jpg
$ file a.jpg
a.jpg: PNG image data, 300 x 199, 8-bit/color RGB, non-interlaced