Atualmente, estou usando um sistema Arch Linux baseado em Colinux. Eu gosto porque é muito leve em comparação com uma edição autônoma, especialmente de sistemas como o Ubuntu.
O Colinux é atualmente o único single-core, o mais novo VirtualBox suporta multicore (se sua CPU tiver VT-x).
Gráficos podem ser complicados. Se você usa o Colinux com o simples redirecionamento X11 (conectando-o a um servidor Windows X como o Xming - acredito que é isso que o Linux e o Portable Ubuntu fazem), você obtém um bom 'modo contínuo' - aplicativos Linux são executados ao lado do Windows, não em janela separada; você não precisa de um gerenciador de janelas separado - mas não é tão responsivo quanto a VM.
Você também pode configurar um servidor VNC no convidado e efetuar login no host. Sem modo contínuo, mas é mais responsivo e pode ser mais confortável em geral. Ainda não há chance de aceleração 3D, no entanto.
Devido a não ter que rodar X / window manager / vários daemons, o Colinux é visivelmente mais leve na RAM. Eu acredito que também é mais rápido, mas eu não testei muito.
Consegui executar a mesma instalação do Arch (a partir de uma partição separada), tanto no Colinux quanto no modo nativamente - veja aqui para detalhes sobre essa instalação. No entanto, acho que o VirtualBox também pode fazer isso.
Esteja ciente de que você não pode usar os dois ao mesmo tempo - Colinux se recusa a correr ao lado de uma VM.