Isso ocorre porque a sessão remota do PowerShell não inclui a unidade "IIS:" do PowerShell. (Tente executar "Get-PSDrive" localmente e, em seguida, através de Invoke-Command, para ver a diferença).
A unidade "IIS:" quase certamente está sendo adicionada pelo snap-in WebAdministration PS quando você está executando o Powershell localmente no servidor IIS, seja porque você está iniciando o PowerShell a partir de um atalho especial específico do IIS ou porque O script de perfil do PowerShell está sendo executado e está sendo carregado.
Você deve obter os resultados que está procurando adicionando explicitamente o snap-in WebAdministration à sessão remota (que cria a unidade "IIS:") alterando seu Invoke-Command para procurar assim:
invoke-command -ComputerName IISSERVER -ScriptBlock { Add-PSSnapin WebAdministration; test-path "IIS:\AppPools\DefaultAppPool" }