Nós fazemos o que você está tentando realizar aqui. O truque é configurar zonas DNS internas para os subdomínios que você deseja responder localmente, não o domínio pai.
Em vez de criar uma zona DNS local para "MyDomain.com" com entradas para o subdomínio, crie uma nova zona para cada subdomínio.
Assim, você criaria uma zona denominada "subs1.mydomain.com" e, em seguida, adicionaria um único novo A Record e deixaria o nome do host desse registro em branco.
(Repita para cada subdomínio para o qual você deseja que o servidor DNS responda).
Verifique se você NÃO possui uma zona local para Mydomain.com.
Uma vez configurado, se você solicitar subs1.mydomain.com, o DNS local o conhecerá e retornará o Registro raiz A (o Host em branco que você criou). Se você solicitar qualquer outro subdomínio do MyDomain.com, ele não será visto como uma zona conhecida pelo DNS local, será encaminhado como de costume e, por sua vez, será respondido pelo DNS público que hospeda os registros do MyDomain.com.