Primeiro, verifique o estado atual da opção raise-om-click
usando gsettings
pelo comando abaixo:
gsettings get org.gnome.desktop.wm.preferences raise-on-click
O resultado seria true
se você não desativou antes.
Então, se foi "verdade", você pode desativá-lo pelo comando abaixo:
gsettings set org.gnome.desktop.wm.preferences raise-on-click false
ou Se ele retornou "false" e você ainda não obteve o efeito desejado, então parece que algo está errado ou faltando no seu sistema.
De todos os aplicativos que estão abaixo da configuração:
org.gnome.desktop.wm.preferences raise-on-click
Além disso, você pode digitar dconf watch /
no Terminal e verificar as alterações de suas configurações.