Eu tenho o cenário exato. Faça uma pesquisa no Google por 'mkvdts2ac3'
e use-a. Ele extrai o áudio DTS, timecodes, etc. Em seguida, ele converte para AC3, em seguida, muxes-lo de volta com o vídeo existente. Leva cerca de 10 minutos ou mais no meu Corei7 de 3,4 GHz.
Usar é tão simples assim:
Linux $ mkvdts2ac3.sh Movie.mkv
O script lida com o restante.