1) O Backup e Restauração do Windows 7 não fará nada com arquivos excluídos se você atualizar o backup.
Seu backup será atualizado com novos arquivos e novas versões de arquivos existentes. Os arquivos que você excluiu do seu computador permanecerão no seu arquivo. Você sempre pode recuperar arquivos excluídos do seu backup, como mostrado aqui: link
2) Vá para o seu arquivo e exclua manualmente os arquivos.
Não consigo encontrar nenhuma literatura que diga que isso causa problemas, mas não tenho 100% de certeza disso. Os backups são salvos neste formato: \\ Backup Set. Vá para a pasta e exclua os arquivos que você não deseja.