O Dropbox está usando ganchos do sistema de arquivos para saber o que e quando os arquivos foram alterados. Eu diria que a montagem do NTFS no Linux não acionaria esses mecanismos como faria nos sistemas de arquivos nativos do Linux. Eu diria que nada está errado com a sua montagem, mas o Dropbox não pode manipular o NTFS no ambiente Linux.
Se você realmente precisa sincronizar com a unidade NTFS, você pode usar rsync
para copiar seus arquivos para NTFS enquanto estiver no Linux. Ou ... use o Dropbox para o que é suposto ser usado: tenha uma pasta dropbox na unidade linux e na pasta Dropbox no Windows. E um iria sincronizar com o outro quando você inicializar o Linux / Windows (eu presumo que você tenha dual-boot).