Parece que isso não pode ser feito. Acabei de encontrar uma mensagem sobre isso no site da JetBrains
O que me levou à questão, onde eu votei, espero que isso seja adicionado no futuro
É possível alterar a cor das TODO / NotImplementedExceptions na Barra de Marcadores do Resharper?
Acho o ciano quase impossível de ver no fundo cinza da janela.
Vá para Tools > Options > Environment > Fonts and Colors > Display items:
Lá você encontrará muitos itens de Resharper para os quais você pode alterar as cores.
Existe também "Resharper TODO Items".