Você deve dizer exatamente o que fez para conseguir isso. Se você ainda não estiver, provavelmente deveria tentar usar o chroot (conselhos aqui: link ).
Para o seu problema específico, você precisa fornecer aos usuários permissão de gravação em sua pasta raiz. Defina-os como proprietários e verifique se a permissão de gravação está definida. Não sei por que isso seria uma ideia tão ruim:
# chown someuser /user/root/folder
# chmod u+w /user/root/folder
Ou, se você quiser manter o root como proprietário, poderá fazê-lo com um grupo:
# addgroup somegroup
# adduser someuser somegroup
# chgrp somegroup /user/root/folder
# chmod g+w /user/root/folder
EDITAR
Como os comentários mencionam no link fornecido, parece que o root deve ser o proprietário do diretório em questão para que o chroot funcione corretamente. Mas nada parece impedir a mudança do grupo. Então, seguindo os nomes deste tutorial, isso poderia fazer o truque:
# chown root:filetransfer /home/username
# chmod 775 /home/username
Observe como as permissões agora são 775 e não 755, isso dá permissão de gravação a todos os usuários pertencentes ao grupo de transferência de arquivos.
EDIT 2
Não, isso não é suficiente. Talvez isso não seja viável.