OK, acho que percebi isso. Aqui está uma maneira de testá-lo.
Eu tentei isso com o TextMate e funcionou.
quando você inicia o macvim, inicie-o a partir do executável binário. Eu lancei o textmate de
/Applications/TextMate.app/Contents/MacOS/TextMate &
você pode criar um lançador simples que faz isso e colocá-lo em / bin ou em algum lugar é o seu caminho. então cada vez que você iniciar o macvim, será uma nova instância. e quando você fechar um, ele será revertido para o aplicativo anterior, em vez da outra instância desse aplicativo.