Resposta curta, não há maneira fácil de fazer isso. O projeto é projetado para permitir apenas uma instância em execução por vez. Existem algumas soluções complicadas que lidam com a execução como um usuário separado, que funcionam com sucesso limitado, se necessário.
Aqui está uma discussão que discute um par de possíveis soluções s. Mas basicamente suas opções são executar uma segunda cópia em um serviço de VM / terminal ou como outro id de usuário localmente (que pode ou não funcionar).
Você também pode investigar software alternativo que pode oferecer isso recurso e ser compatível (em graus variados) com arquivos MS Project.