Primeiro, faça uma cópia de sua área de trabalho (por exemplo, a pasta DesktopCopy contendo os atalhos que você deseja na área de trabalho) e coloque-a na pasta de documentos (ou em outra pasta definida pelo usuário).
Em segundo lugar, crie um arquivo de lote que copie (e sobrescreva!) sua área de trabalho com os arquivos da pasta DesktopCopy). Você pode usar a função mirror do robocopy para excluir arquivos que não estão presentes no diretório de origem.
Depois, com o agendador de tarefas, crie uma tarefa (CopyDesktopContents), que inicia no início ou no login do Windows e que executa o lote.
Se você quiser adicionar seus próprios atalhos na sua área de trabalho, copie o conteúdo da sua área de trabalho para a pasta DesktopCopy, para que da próxima vez que você (ou outro usuário) inicie o computador ou faça o login, nova cópia será usada pelo arquivo de lote.