Não conheço uma ferramenta que possa comparar os pontos de restauração.
No entanto, conforme explicado mais detalhadamente em Registro de despejo em arquivos de texto para rastreamento , você pode simplesmente restaurar os dois e, em seguida, exportar o registro inteiro como dois (enormes) arquivos de texto. Você pode então usar um utilitário de comparação de texto para descobrir as diferenças.
Se você escolher esta solução, não se esqueça de criar um ponto de restauração atual do sistema para o qual possa retornar.