Tanto quanto eu sei, zip e rar não armazenam permissões, eu acho que o 7z também não faz isso no Windows.
Assim, você não pode realmente "definir" as permisões ao compactar nesses formatos. Eu sugiro usar um arquivo tar
baseado em alvos do Linux. Se você realmente precisar de zip ou rar, considere usar um script que chame chmod
após descompactar.