Toda operação que interage com um arquivo através de um link simbólico deve procurar o arquivo duas vezes. A primeira pesquisa localizará o link, que fornecerá a localização do arquivo real. A segunda pesquisa seguirá o endereço vinculado aos dados. Operações como essa são muito pequenas e não afetam muito o desempenho, mas à medida que o número de arquivos e operações vinculados aumenta, ele pode se tornar perceptível.
Seu caso específico adiciona alguns elementos que poderiam tornar a segunda pesquisa mais lenta que a primeira. Primeiro, seus dados estão em um sistema de arquivos separado em um disco separado. Em segundo lugar, os dados em si são criptografados. Ambos podem afetar o desempenho.