Sim, você pode desativar o samba sem removê-lo
Primeiro pare o samba
sudo service smbd stop
Pare o NetBIOS
sudo service nmbd stop
depois remova-o da inicialização
sudo update-rc.d -f smbd remove
sudo update-rc.d -f nmbd remove
Serviço e configuração não removidos do PC e você pode iniciá-lo quando precisar dele com
sudo service smbd start
sudo service nmbd start