Depois de muito coçar a cabeça, meu problema acabou se tornando no USB 3.0. Aqui são os resultados. A caixa não estava acordando prematuramente, não ia entrar em sono algum, o que torna a pergunta original um tanto irrelevante no meu caso.
A suspensão agora parece funcionar no Ubuntu (não foi usada por tempo suficiente para saber se alguns problemas sutis permanecem).
Eu tenho tido exatamente o mesmo problema no Windows 7 e, curiosamente, desabilitar o USB 3.0 não ajudou em nada. Sugestões são bem-vindos.