Eu não acredito que este é um problema específico do Windows. Como os discos são alocados em blocos, o arquivo ocupará potencialmente mais espaço no disco do que o tamanho real se o tamanho do arquivo não for um número exato do tamanho do bloco de discos.
Considere:
File |------3.4k------| |-------------4.1k--------|
Disk Blocks |--------4k----------|--------4k----------|--------4k----------|
Os arquivos no disco devem estar alinhados aos blocos alocados (eles devem iniciar onde um bloco é iniciado). Por exemplo, se o tamanho real dos arquivos for 3.4k e o tamanho do bloco do disco for 4k, o tamanho dos arquivos no disco será 4k porque mesmo que existam apenas 3.4k de dados no arquivo, ele está efetivamente ocupando 4k no disco, porque você não pode usar o restante desse bloco para nada.