Você pode tentar Tabula - funciona muito bem para conteúdo orientado a dados colocado em tabelas.
Uma breve introdução pode ser encontrada na página inicial.
Usando a ferramenta para o PDF anexado a essa pergunta, você precisa:
- Faça o download do arquivo para seu disco local.
- Instale e inicie a ferramenta seguindo as instruções na página inicial.
- Carregue o PDF e selecione Enviar .
- Navegue até a primeira tabela e selecione a tabela. Certifique-se de não selecionar o cabeçalho e o rodapé da página para obter um resultado mais preciso.
- EscolhaRepetirestaseleçãosequiserselecionarastabelasaseguirusandoasmesmascoordenadas.
- EscolhaFazerodownloaddetodososdadosereceba.
- Escolha Fazer o download de dados para obter um arquivo CSV com as tabelas extraídas. Este arquivo pode ser aberto com o MS Excel ou qualquer outro aplicativo que possa ler o formato CSV para processamento adicional.