Bem, não acho que você possa fazer isso com uma substituição de pesquisa.
Eu faria isso.
Abra a substituição de pesquisa, escolha o modo regex e pesquise por:
^.*(string).*$
e deixe a substituição ser \ 1 (essa é a string que marca as linhas que você não deseja). Isso deixará linhas apenas com a string indesejada e nada mais.
Em seguida, alterne para a pesquisa estendida e pesquise por \r\nstring
e deixe a substituição em branco. Isso excluirá as linhas apenas com a string indesejada.
Há provavelmente uma maneira mais simples de fazer isso, mas isso funciona.
Edite: e, ah, verifique também a primeira linha do documento para uma linha com apenas a string indesejada, pois isso não será percebido. Como disse, provavelmente há um jeito melhor. ;)